立献据人谨承先志，愿将名下分得遗产，悉数献于江南司教日后所开中西大学堂收管，专为资助英俊子弟资斧所不及，并望为西满安德肋献祭，祈求永承罔替，中外善堂概由输献。此系主前熟思，遵先志以献者。自献以后，永无反悔，且系先人所遗名下私产，故族中一切人等，毋得过问。其系教中者，自无敢有违善举；其系教外者，则非先父先兄之嗣也，更无得过问，特此书献存档。时天主降生后一千九百年秋分后一日，即光绪庚子又八月一日。
——马相伯捐献家产兴学字据 录自上海市高教局历史档案，第599卷
1903年，马相伯变卖家田3000亩，捐献现银4万元、英法租借地8处，创办震旦学院。马先生把全部家产都给了震旦办学，使得他自己晚年一度靠翻译和震旦给的一些生活费为生。
在他亲制的院章里，“崇尚科学，注重文艺，不谈教理”赫然在目。一生关心政治、身为天主教徒的马相伯，既不允许教授上课谈宗教，也不允许学生在院谈政治。1925年在复旦校歌中出现的“政罗教网无羁绊”一句，可说是马相伯这一宗旨的集中体现。“academy”是脱离于任何宗教与政治樊笼之外，容许自由思想的地方。
在许多学生的记忆里，这位建校时就已年届64的老校长，是一位宽容而庄严的长者。他喜欢学生提出异议，听到质疑，他越发高兴。自由讨论在学校蔚然成风。
1903年马相伯与第一批震旦学院师生合影
复旦有悠久的学生自治的传统，这一传统也可追溯到震旦学院时期。当时，马相伯自己出任学校的总教习，但对园内各类事务只作监督而已，每学期初学生选出几位代表组成一个委员会，承担学校所有的管理工作，依循规章实行自治。
1905年，当震旦发生变故时，这位66岁的老人，又与反抗教会压制的学生站在一起，在困境中支撑起一所凝聚众人希望的大学。
震旦学院羽翼渐丰，但耶稣会企图将其占为己有的行径变得越来越明目张胆。1905年，倚仗在震旦教学的法国耶稣会士，耶稣会取消马相伯的主管权，取缔学生自治制度，震旦校园一下子被教会的新措施压抑得毫无生气。对于这位年轻时就傲骨铮铮，以一句“我学法国话，是为中国用的”拒绝法领馆任职的爱国老人，这事实是无论如何不能承受的。然而，身为教徒，马相伯左右为难。除对学生饮泣，他在无奈中只能“无病而入病院”。
他或许没有想到他的治学精神早已深深影响了一群人。
震旦学子毅然决定与马相伯共进退。在沈步洲的支持下，全体学生举行了一次讨论大会大会是以极其民主的方式进行的，并没有因事情紧迫而改变其作风。会议结束时，沈步洲取出信笺两卷，放在讲坛两端，一为签“留”，一为签“去”，听凭大家自由决定。结果，除一人签“留”外，其余学生全都决定退出震旦。，追随马相伯。退学学生带走了学校的器具、书籍、标本，并将校牌摘去。
1905年9月，经过马相伯、严复和学生领袖叶景莱、于右任等人的筹措，复旦公学建立。学校定名为“复旦”，既深含“光复震旦”之意，又寄托了创建者对国家未来的愿望。
19世纪20年代复旦校门
马相伯在师生的一致拥戴中成为复旦第一任校长。他还自告奋勇，担任法文教授。在他的年轻学生的记忆中，他上课时兀自坐在讲台上，鼻子上架着大大的铜边眼镜，“口说指画，不以为苦”。
马相伯担任复旦公学校长的时间并不长。然而就是在创办震旦和复旦的短短几年中，他培养了于右任、胡敦复、徐季龙、翁文灏、邵力子等一批中国文化的脊梁。当马相伯晚年写下“还我河山”的字句，对危乱的时局一再发激愤之言时，复旦学生正在街头发传单、演新剧，奔走呼号以唤醒中国，不能不说是由于他的精神品格的浸淫。
“我是一条狗，只会叫。叫了一百年，还没有把中国叫醒。”马相伯能够作为一种象征，成为中国近代教育史上的一个传奇，绝不仅仅是因为办了复旦，更是因为他对中华民族的热爱。