新冠疫情暴发以来，复旦大学教育发展基金会第一时间配合学校抗疫整体部署，于2020年1月29日发起设立“复旦大学抗击新型冠状病毒肺炎医疗基金”项目，同时积极做好物资捐赠对接与服务，当好疫情保障的“接线员”和“二传手”，为学校及各附属医院抗疫工作顺利开展提供保障。
在这次抗疫行动中，基金会在校友、校董、基金会理事、社会各界爱心人士及机构的帮助下，在慈善公益主战场积极筹募，与国家和学校需求同频共振，较为出色地完成了抗击新型冠状病毒肺炎疫情的筹募和项目管理工作。
在现金捐赠方面，医疗基金收到捐款1134.23万元，用于奖励复旦大学各附属医院援鄂医疗队及上海市两所新冠病人定点收治医院（复旦大学附属公共卫生临床中心和附属儿科医院）一线医务人员、发放各附属医院发热门诊岗位一线医务人员的慰问金及用于支持复旦大学开展疫情防控相关工作。
基金会通过与校友会的深度合作，小额捐赠迅速达到预期目标，校友、校董，包括爱心企业大额捐赠纷纷跟进，呈现大额小额齐头并进的态势，展现了众志成城的信念和力量。
在物资捐赠方面，基金会积极协调、支援复旦大学及附属医院的物资捐赠共计93万余件，其中接收境外捐赠物资共计15个批次8.6万余件，涵盖口罩、防护面罩、医用手套、消毒剂、测温设备等各大类，为援鄂医疗队、附属医院和学校的疫情防控工作提供了有力支持。
这次抗疫公益行动，基金会除了与校友和校友会深度合作，还携手社会组织，慈善机构和爱心企业，积极协调各社会组织和企业的定向支援，在时间紧、任务重的情况下，基金会的筹募工作有了新的突破，扩大了慈善公益的朋友圈。